长期担任国家中医药管理局、江苏省政府重点学科——温病学、中医临床基础学科的学科带头人，为学科的建设和发展作出了重要的贡献，1997年被江苏省政府评为优秀学科带头人。王灿晖非常重视临床学科的建设和发展，2012年他不顾年事已高，担任了江苏省第二中医院国家中医药管理局重点专科肺病专科学科带头人。

多年来王灿晖担任了中华中医药学会感染病分会主任委员，主持中华中医药学会感染病分会的日常工作，多次举办全国性的学术交流活动，为全国的感染病防治工作做了大量的工作。

他非常重视中医教育工作，承担了本科、硕士、博士等不同层次的教学工作，培养了博士研究生20多名，硕士研究生50余名。1998年被江苏省教育厅评为优秀研究生导师。

王灿晖连续担任第八、第九届全国政协委员。积极参政议政，多次外出考察研究，认真提交议案，为国家的建设和中医药事业的发展献计献策。